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BIO-0456 (Introdução à Bioinformática)

2014


Docente Responsável
Prof. Sergio Russo Matioli (srmatiol@ib.usp.br, tel. (11)3091-7552/67)
Monitor programa PAE
Mestre Diego Trindade de Souza (diegotsouza@hotmail.com, tel. (11)3091-7552/67)

Canal de comunicação estudantes/professor/monitor: https://www.facebook.com/USPBIO04562014

Local: Laboratório Multimídia, centro Didático, Instituto de Biociências da USP
Horário: Quartas-feiras, das 19h00 às 21h00

Método didático
As aulas teóricas envolverão um texto e explanação dos conceitos mais fundamentais. As aulas práticas constituir-se-ão em uma atividade executada pelos estudantes, de forma colaborativa mas com a produção de materiais individuais.

Avaliação
Os estudantes serão avaliados pela participação nas aulas teóricas e/ou desempenho em provinhas-surpresa. À média dessas notas será somada a média das notas atribuidas às atividades. Somente farão parte da média as 70% melhores notas, com exceção de eventuais faltas.

Cronograma 2014 (links "mortos"serão atualizados oportunamente).

Data
Atividade teórica
Atividade prática
03/09
Bioinformática: Definições e Histórico Texto aqui.
Manipulação de arquivos. Aqui.
10/09
Semana da pátria.
Semana da pátria.
17/09
Arquitetura de computadores. Texto aqui
Bancos de dados bioinformáticos. Aqui
24/09
Programas e algoritmos. Texto aqui.
Fluxograma e dot-plot. Aqui
01/10
Bancos de dados biológicos. Texto aqui.
BLAST. Aqui.
08/10
Alinhamentos par a par. Texto aqui.
Simulações de algoritmos. Aqui.
15/10
Alinhamentos múltiplos. Texto aqui.
Testes de programas. Aqui.
Site aqui. Dados aqui.
22/10
Reconstrução de filogenias. Texto aqui. Filogenética. Aqui. Dados aqui.
29/10
Reconstruções filogenômicas. Texto aqui.
Filogenômica. Aqui.
05/11
Motivos, domínios, evolução por rearranjo de exons. Texto aqui.
Bancos de arquiteturas proteicas. Aqui. Sequências aqui.
12/11
Estrutura de ácidos nucleicos. Texto aqui.
Previsão de enrolamentos. Aqui. Sequência aqui. Figura aqui.
19/11
Estruturas de proteínas.
O texto é o capítulo 7 do livro:
Verli, H. Bioinformática. Da biologia molecular à flexibilidade molecular. UFRGS, 2014, disponível aqui. Revisão aqui.
Previsão e análise de estruturas. Aqui.
26/11
Funcionamento de proteínas. Capítulos 8 e 9 do livro acima. Filme aqui.
Atracação molecular. Aqui. estreptavidina, biotina, complexo.
03/12
Biologia de sistema: Redes de expressão e interações.Capítulo 6 do livro acima.
Buscas em grafo. Aqui.
10/12
Congresso de evolução. Não haverá aula.

17/12 Biologia sintética. Texto aqui. Aula no Clube do churrasco
Discussão de perspectivas.

Resultados aqui.