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BIO-0456 (Introdução à Bioinformática)

2016


Docente Responsável
Prof. Sergio Russo Matioli (srmatiol@ib.usp.br, tel. (11)3091-7552/67)

Canal de comunicação estudantes/professor/monitor: https://www.facebook.com/USPBIO0456

Local: Laboratório Multimídia, centro Didático, Instituto de Biociências da USP
Horário: Quartas-feiras, das 19h00 às 21h00

Método didático
As aulas teóricas envolverão um texto e explanação dos conceitos mais fundamentais. As aulas práticas constituir-se-ão em uma atividade executada pelos estudantes, de forma colaborativa, mas com a produção de materiais individuais.

Avaliação
Os estudantes serão avaliados pela participação nas aulas teóricas e/ou desempenho em provinhas-surpresa. À média dessas notas será somada a média das notas atribuidas às atividades. Somente farão parte da média as 70% melhores notas, com exceção de eventuais faltas.

Cronograma 2016 (links "mortos"serão atualizados oportunamente).

Data
Atividade teórica
Atividade prática
10/08
Bioinformática: Definições e Histórico Texto aqui.
Manipulação de arquivos. Aqui.
17/08
Arquitetura de computadores. Texto aqui Bancos de dados bioinformáticos. Aqui
24/08
Programas e algoritmos. Texto aqui. Fluxograma e dot-plot. Aqui
31/08
Bancos de dados biológicos. Texto aqui.
Alinhamentos par a par. Texto aqui.
BLAST. Aqui.
Simulações de algoritmos. Aqui.
07/09
Semana da Pátria, não haverá aula.

14/09
Congresso de Genética, não haverá aula.

21/09
Alinhamentos múltiplos. Texto aqui. Testes de programas. Aqui.
Site aqui. Dados aqui.
28/09
Reconstrução de filogenias. Texto aqui. Filogenética. Aqui. Dados aqui.
05/10
Reconstruções filogenômicas. Texto aqui. Filogenômica.(árvores consenso) Aqui.
12/10
Dia de Nossa Senhora de Aparecida, padroeira do Brasil
Não há aula.
19/10
Motivos, domínios, evolução por rearranjo de exons. Texto aqui. Bancos de arquiteturas proteicas. Aqui. Sequências aqui.
26/10
Estrutura de ácidos nucleicos. Texto aqui. Previsão de enrolamentos. Aqui. Sequência aqui. Figura aqui.
02/11
Finados. Não há aula.

09/11
Estruturas de proteínas.
O texto é o capítulo 7 do livro:
Verli, H. Bioinformática. Da biologia molecular à flexibilidade molecular. UFRGS, 2014, disponível aqui. Revisão aqui.
Previsão e análise de estruturas. Aqui. Arquivo rnase.cn3.
16/11
Funcionamento de proteínas. Capítulos 8 e 9 do livro acima. Filme aqui. Atracação molecular. Aqui.
Cópia local do Chimera.
Estreptavidina, Biotina,, complexo das duas moléculas.
23/11
Biologia de sistemas: Redes de expressão e interações. Capítulo 6 do livro acima. Buscas em grafo. Aqui.
30/11 Perspectivas


Resultados.