Softwares para BIO5706

 

1. Em servidores, acesso através da WWW:

Serviços grandes, com bancos de dados e ferramentas de busca e processamento de seqüências de macromoléculas:

GenBank (Serviço mantido pelo National Center for Biotechnology Information, NCBI, entidade governamental dos E.U.A.), situado em Bethesda, MD.
ENA (European Nucleotide Archive) do EMBL (European Molecular Biology  Laboratory), situado principalmente em Heidelberg, na Alemanha.
DDBJ (DNA Data Bank of Japan), banco de dados de seqüências do Japão.
PDB (Protein Data Bank), voltado para Biologia estrutural de proteínas.
ExPaSy (Expert Protein Analysis System), mantém o "SwissProt", banco de dados de seqüências protéicas, localizado na Suíça.

Serviços mais específicos, de Universidades e Institutos de pesquisa:

Blocks  (Serviço mantido pelo Fred Hutchinson Cancer Research Center, em Seattle, E.U.A.). Para verificação de segmentos contíguos de aminoácidos constantes em organismos não aparentados.
Flybase (Serviço mantido pela Universidade de Indiana). Específico para Drosophila.
NNPREDICT (Universidade da California, Campus de San Francisco, E.U.A.). Prevê a estrutura secundária a partir de seqüências.
BOWS (Bioinformatics Open Web Services, Laboratório de Biodados, Universidade Federal de Minas Gerais). Vários serviços públicos e gratuitos online.
VAST (Vector Alignment Search Tool). Pesquisa de estruturas baseada nos vetores, independente da estrutura primária, ou seja de sua seqüência de aminoácidos.
 

2. Para serem carregados em microcomputadores:

Página de softwares de filogenias, mantido por Joe Felsenstein, da Universidade de Washington, E.U.A., com centenas de pacotes de filogenias e dezenas de servidores da web. Tem a virtude de ser atualizado constantemente.
Página de softwares grátis, com ênfase em Biologia molecular e Biologia estrutural, mantrida por Arthur Roberts, da Universidade do Novo Mexico, E.U.A. (antigo)
 

3. Softwares que serão utilizados na disciplina BIO-5706:

Arlequin Desenvolvido por Laurent Excoffier, voltado para análise de dados genéticos de populações naturais. Carregamento gratuito.
BioEdit Desenvolvido por Tom Hall, para diversas manipulaçõs de seqüências de DNA. Carregamento gratuito.
Clustal desenvolvido por uma grande equipe desde 1988. Para alinhamento múltiplo de sequências macromoleculares. Carregamento gratuito ou webserver.
Cn3D Desenvolvido por uma equipe do NCBI, E.U.A. Para representação tridimensional da estrutura de macromoléculas. Carregamento gratuito.
DnaSP (DNA Sequence Polymorphism),Por Julio Rozas e Ricardo Rozas da Universidade de Barcelona. Pra análises de seqüências no nível populacional. Carregamento gratuito.
GARLI (Genetic Algorithm for Rapid Likelihood Inference). Desenvolvido por Derrick Zwickl, atualmente fazendo pós-doutorado no National Evolutionary Synthesis Center em Durham, North Carolina. Carregamento livre.
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis). Programa desenvolvido por Sudhir Kumar (Arizona Biodesign Institute), Koichiro Tamura (Tokyo Metropolitan University) e Masatoshi Nei (Universidade da Pensilvânia, E.U.A.). Carregamento gratuito.
MrBayes Programa para inferência bayesiana de filogenias. desenvolvido por John Huesenbeck e colaboradores. Carregamento gratuito.
PHYLIP (PHILogeny Inference Package) Série de programas desenvolvidos por Joe Felsenstein, da Universidade de Washington, E.U.A.). Carregamento gratuito. Tem uma página do Facebook sobre o pacote aqui.
PopGene.S2, versão mais recente e ampliada do programa WinPop, desenvolvido por Paulo Suano Nuin, atualmente na Universidade de Toronto, Canadá, para simulações e ensino em Genética de Populações. Carregamento gratuito. O autor não oferece as versões antigas do programa, mas uma cópia local do programa Winpop versão 2.5 pode ser obtida aqui.

4. Repositório de links relacionados (não analisados, dê a sua opinião!):

Computational Biology or Bioinformatics references
Biochemistry-related sites on the Web
Molecular Biology Software
Biology Links
Molecular Systematics WWW links
BUBL link
Foundations of Computational and Systems Biology. Uma série da aulas muito interessantes.